Gastroskopia wykonywana jest przy pomocy giętkiego aparatu (endoskopu) grubości małego palca, który jest zakładany do żołądka przez usta. Badanie to pozwala dokładnie ocenić przełyk, żołądek i opuszkę dwunastnicy pod względem wyglądu błony śluzowej, soku żołądkowego (kolor, ilość, obecność ewentualnej domieszki żółci) oraz elastyczność ścian. Podczas badania istnieje możliwość pobrania wycinków do badania histopatologicznego.Na gastroskopię może skierować lekarz rodzinny lub specjalista w danej dziedzinie.